Tugas dan kewenangan Pengadilan Agama Dataran Hunimoa diatur dalam UU No. 3 Tahun 2006 tentang Peradilan Agama. Pasal 49 menyatakan bahwa Pengadilan agama bertugas dan berwenang memeriksa, memutus, dan menyelesaikan perkara ditingkat pertama antara orang-orang yang beragama Islam di bidang tertentu, yaitu perkawinan, waris, wasiat, hibah, wakaf, zakat, infaq, shadaqah, dan ekonomi syari'ah.

Berdasarkan tugas pokok di atas, maka Pengadilan Agama mempunyai fungsi:

Fungsi Peradilan, yaitu memeriksa dan mengadili perkara yang menjadi kewenangan Pengadilan Agama Dataran Hunimoa di wilayah yuridiksinya.

Fungsi Administrasi, yaitu memberikan pelayanan administrasi kepaniteraan bagi perkara tingkat pertama, dan pelayanan administrasi kesekretariatan kepada semua unsur di lingkungan Pengadilan Agama Ambarawa.

Fungsi Nasehat, yaitu memberikan keterangan, pertimbangan dan nasehat tentang hukum perdata Islam pada instansi pemerintah di Kabupaten Seram Bagian Timur.

Fungsi lain-Lain, yaitu pelayanan terhadap penyuluhan hukum, riset, penelitian, dan lain sebagainya.